Karol Berger był mieszkańcem Warszawy do 1968 roku, w którym przerwał studia muzykologiczne na Uniwersytecie Warszawskim i wyemigrował do USA. W 1975 roku ukończył muzykologiczne studia doktorskie na Uniwersytecie Yale i został asystentem na Uniwersytecie Bostońskim. Od 1982 roku jest profesorem muzykologii Uniwersytetu Stanforda w Kalifornii. Za swą książkę Musica Ficta (Cambridge University Press, 1987) otrzymał Nagrodę im. Ottona Kinkeldeya nadawaną przez Amerykańskie Towarzystwo Muzykologiczne. W 1995 roku został laureatem Nagrody Fundacji im. Alfreda Jurzykowskiego. Jego najnowsza książka, Bach's Cycle, Mozart's Arrow, ukazaŁa się w 2007 roku nakładem University of California Press.